基线（baseline)：通常是3－15个循环的荧光信号，同一次反应中针对不同的基因需单独设置基线。

阈值（threshold)：自动设置是3-15个循环的荧光信号的标准偏差的10倍。

手动设置：置于指数扩增期，刚好可以清楚地看到荧光信号明显增强。同一次反应中针对不同的基因可单独设置阈值，但对于同一个基因扩增一定要用同一个阈值。

Ct值：与起始浓度的对数成线性关系分析定量时候一般取Ct:15-35.太大或者太小都会导致定量的不准确。

相对定量：通过与内参基因Ct值之间的相差来计算基因之间的表达差异,一般是2-Ct。或者是考虑扩增效率的Pfaffl法。

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