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4D-磷酸化修饰蛋白质组学

蛋白质磷酸化修饰（Phosphorylation）是生物体内最重要的共价修饰方式之一，是目前分布最多、也是最广泛研究的修饰，其发生过程是在激酶（kinase）催化下，将ATP的磷酸根基团转移到蛋白的氨基酸（Ser、Tyr、Thr）侧链上。蛋...

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关键词：翻译后修饰组修饰蛋白定量分析 4D-磷酸化

蛋白质磷酸化修饰（Phosphorylation）是生物体内最重要的共价修饰方式之一，是目前分布最多、也是最广泛研究的修饰，其发生过程是在激酶（kinase）催化下，将ATP的磷酸根基团转移到蛋白的氨基酸（Ser、Tyr、Thr）侧链上。蛋白质的磷酸化和去磷酸化这一可逆过程调节着包括细胞增殖、发育、分化、信号转导、细胞凋亡、神经活动、肌肉收缩及肿瘤发生等过程在内的所有生命活动。发生磷酸化修饰的氨基酸上共价连接磷酸基团，其分子质量会增加发生79.97Da。利用质谱可精确测定分子量是否发生79.97Da的质量偏移，从而检测磷酸化修饰肽段及位点。 4D-label free磷酸化蛋白组学是基于新一代timsTOF Pro质谱仪，通过数据依赖性采集-同步累积连续碎裂（ddaPASEF）扫描模式进行差异磷酸化蛋白质组学分析。4D-label free修饰组，利用了离子淌度分离，能根据分子的形状、截面积属性，可有效区分修饰同分异构多肽，极大提高修饰的鉴定深度，以更少上样量、更快扫描速度，实现蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。

实验流程：

技术优势：

◆ 细胞通信、生长和增殖、细胞周期调控；

◆ 癌变的发生和转移、神经传导；

◆ 血管和胚胎形成等药理药靶、基因敲除/过表达的修饰表达分析；

◆ 植物、微生物生长发育与胁迫逆境生理研究；

◆ 疾病药物作用靶点高通量分析。

应用方向：

◆ 4D技术加持，提高定量的准确性、鉴定深度，更加适合微量样本；

◆ 克服标记定量蛋白质组学技术在样本数量上的限制，灵活方便；

◆ 前沿技术——基于新一代质谱平台（Bruker timsTOF pro），检测速度提升近一倍；

◆ 经验丰富——超16年蛋白平台服务经验，拥有数量与质量领先的高水平项目文章；

◆ 数据保证——采用进口金标抗体，高标准修饰富集操作，数据结果稳定可靠；

◆ 系统解决方案——提供修饰组学至验证、上下游联合分析，实现快捷”一站式”服务。

推荐组合产品：

（1）组学“黄金”联合、激酶研究：4D-label free + 4D-label free磷酸化蛋白质组。

（2）大样本分型研究优选，大分子专属平台，质量与效率双重保障：4D-DIA + 4D-DIA磷酸化蛋白质组。

数据分析：

标准数据分析内容
蛋白质总鉴定数量分析	蛋白鉴定与定量结果统计、韦恩图分析、差异结果数量统计、火山图、聚类热图
差异蛋白质功能分析	亚细胞定位、结构域分析、motif分析、GO功能分析、KEGG通路分析、互作网络分析
质量控制分析	肽段离子质量偏差分布、肽段离子得分分布、蛋白质丰度比分布
高级数据分析内容
WGCNA共表达分析	获得与表型强关联的核心蛋白质
趋势聚类分析	探讨蛋白质的表达趋势模式