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4D-DIA定量蛋白质组学

4D-蛋白质组学是基于新一代timsTOF Pro质谱仪，通过捕集离子淌度（TIMS）与同步累积连续碎裂（PASEF）扫描模式进行差异定量蛋白质组学研究。该技术核心是在传统3D分离（保留时间、质荷比、离子强度）基础上，增加肽段的碰撞截面积（...

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关键词：蛋白质组定量蛋白质组 4D-DIA定量蛋白质组学

4D-蛋白质组学是基于新一代timsTOF Pro质谱仪，通过捕集离子淌度（TIMS）与同步累积连续碎裂（PASEF）扫描模式进行差异定量蛋白质组学研究。该技术核心是在传统3D分离（保留时间、质荷比、离子强度）基础上，增加肽段的碰撞截面积（CCS），实现第4维度（离子淌度）的分离检测。 4D-DIA蛋白质组学是基于timsTOF Pro离子淌度平台的新一代DIA技术，通过数据非依赖采集-同步累积连续碎裂（diaPASEF）扫描模式进行差异定量蛋白质组学分析。将DIA技术与基于timsTOF Pro上的diaPASEF技术相结合，具有高扫描速度和高灵敏度优势的同时，外加第四维离子淌度分离，使DIA数据在采集时不牺牲窗口循环速度的同时，降低谱图复杂度和提高离子利用率，实现了蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。

实验流程：

应用方向：

◆ 临床微量样本最佳检测方式，如：外泌体、FFPE石蜡切片、活检穿刺组织等；

◆ 临床大队列样本分析，如肿瘤、心血管等重大疾病精准分型；

◆ 作物群体性状等大规模样本研究，如育种品系、胁迫干预等；

◆ 临床生物标志物发现：DIA接近MRM的定量能力，实现标志物筛选与初步验证过程合二为一；

◆ 生物样本信息库构建：DIA可实现生物信息的完整保存，为后续回溯分析提供保障。药物应答、基因敲除/过表达的蛋白表达谱分析。

技术优势：

◆ 4D技术加持，更加适合微量样本；

◆ 克服标记定量蛋白质组学技术在样本数量上的限制，灵活方便；

◆ 采用布鲁克的timsTOF Pro质谱平台，检测速度提升近一倍。

推荐组合产品：

（1）组学“黄金”联合、激酶研究：4D-label free + 4D-label free磷酸化蛋白质组；

（2）大样本分型研究优选，大分子专属平台，质量与效率双重保障：4D-DIA + 4D-DIA磷酸化蛋白质组。

数据分析：

标准数据分析内容
鉴定结果统计与分析	样本蛋白质及肽段鉴定柱状图、PCA分布图、定量差异统计分析
生物信息学分析	GO及GO富集、KEGG及KEGG富集分析、PPI互作网络与module分析
生物信息学分析	差异上下调蛋白KEGG蝴蝶图、KEGG通路功能归属等
高级数据分析内容
标志物筛选	集成机器学习、LASSO回归分析、标志物panel、ROC分析
分子分型分析	无监督聚类分型分析、蛋白质组+转录组联合分析、激酶分析
临床表征与组学结果联合分析
疾病相关功能模块分析	WGCNA共表达分析
生存曲线分析	临床分型与生存曲线分析